随着分子系统学发展，真菌新物种发现的数量逐年增加（图1），过去以形态为主的物种中，许多是包含多个物种的隐藏种（cryptic species）。随着高通量手段的发展，大量的慢生型或非培养真菌的新分类单元被发现。因此，“地球上究竟有多少种真菌”是科学家普遍关注的一个问题。Mycology上的这篇文章一定程度上回答了这个问题，并对环境DNA序列（OTU）提出了命名建议。

标题：Current insights into fungal species diversity and perspective on naming the environmental DNA sequences of fungi

中文标题：真菌物种多样性的研究现状及对真菌环境DNA序列命名的展望

第一作者：吴冰, Muzammil Hussain

通讯作者：向梅春 研究员

期刊：Mycology：An International Journal on Fungal Biology，2019

作者单位：中国科学院微生物研究所

期刊链接： /doi/full/10.1080/21501203.2019.1614106

文章介绍：

随着分子生物学手段的长足发展，“地球上有多少种真菌”成为真菌学家普遍关注的一个问题。目前认为世界上的真菌数量约为220-380万种，但作者通过分析培养方法和非培养方法对不同生态环境样品中的真菌多样性进行评估，预测地球上的真菌物种约为1270-1320万种。

近年来有些真菌学家提议将环境中的真菌DNA序列作为模式对这些序列进行物种命名，尽管经过真菌学家官方的投票否决了这一命名提案，但如何对待OTU仍是个悬而未决问题。本文作者首次提出真菌命名模式可以划分为三种类型：基于菌株标本的物理模式（physical type）、基于可培养或不可培养真菌样品全基因组序列的基因组DNA模式（gDNA type）和基于环境DNA序列片段序列的数字模式或虚拟模式（digital type）。在三种类型齐备时以物理模式和gDNA模式为真正模式，虚拟模式是一种临时模式，依据虚拟模式命名的真菌名称为临时名称，可用其系统进化所在的“分支”名+种名的方式来命名。“分支”名称可以是虚拟模式序列所属的属、科或目的名称，这一临时名称在发现其物理模式或基因组模式时，给予真实命名，这一名称废止。本综述为真菌多样性研究提供了新的视角。